本片将延续上一部的故事，动物基因组学研究机构将会有更繁重的研究任务，因为一大堆大小不一的怪物要登场，而哥斯拉也要与魔斯拉、拉顿以及它的强敌基多拉相遇。这些古老的超级怪兽将一一登场，此前他们一直被认为只存在于神话当中，这一次他们将为争夺“怪兽之王”而战，人类的生存也受到严重威胁。