白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹饰）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰饰）、十三姨（关之琳饰）与梁宽（莫少聪饰）异常气愤。在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林饰）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智未开，不惜与纳兰元述决一死战。