零一没有结束——灭亡迅雷站，复活！哉亚公司的ＣＥＯ——里昂亚克兰德，掳走了灭亡迅雷站的迅。灭、亡还有雷想要去救迅，却看到了大量的“士兵型修码吉亚”。里昂的目的是大规模生产没有自我意识的“士兵型修码吉亚”，把他们当成武器，卖往全世界各国。修码吉亚将被当成武器利用，迅对这一事实感到愤慨，并告诉灭他想解救这些修码吉亚。于是灭亡迅雷站的四人，变身成了假面骑士，为救出“士兵型修码吉亚”而战斗。但就在那时，迅突然有些不对劲...被里昂俘虏的迅到底经历了什么？一切都按照里昂的“计划”进行着，对人类而言的“最大威胁”，将以令人意想不到的方式诞生——。