行驶于太平洋上的运输船海龙丸遭遇奇怪的环礁，保险公司的草薙直哉和海上保安厅的米森良成奉命前去调查。他们在环礁上发现了神秘的碑文和饰品，不久，环礁发生剧烈抖动，俄而竟化作一只巨龟，互相飞向空中。另一方面，位于九州的姫神岛屿大陆失去联系。鸟类学家长峰真弓与刑警大迫力前去寻找失踪的平田教授，却在当地遭遇三只以人类为食的巨型怪鸟。在内阁的授意下，自卫队对怪鸟展开围捕，而就在这个恐慌的夜晚，巨龟也出现在陆地上，与怪鸟展开惊天动地的搏杀……