围绕着曾逃过卫星坠落灾难的奇迹之子，以及承载了其灵魂的独角兽高达三号机展开。作为UC宇宙的延续，故事时间线紧接U.C.0097时期，拉普拉斯事变后，作为战乱发生源的两架独角兽高达被秘密封印。当人们逐渐忘记这种威胁时，拥有颠覆世界秩序力量的RX-0独角兽三号机“菲尼克斯”却突然现身地圈，引得地球联邦局、袖章以及路欧商会三方势力相继争夺。