九十九科学是年仅十三岁便具备丰富知识的天才科学家。他靠着各种物理法则、科学理论以及夸张的想像力，企图不靠石化燃料登陆月球。为了实现目标，九十九科学和助手兼美少女型技术实验卫星机器人菊八号一起进行各种实验。