还没有见过的神奇宝贝…还没有见过的城镇……为了见到未知的事物，小智与皮卡丘到了全新的冒险之地──合众地方！正为了在新天地的冒险雀跃不已时，眼前出现了这地方的神奇宝贝研究权威、红豆杉博士！大家立刻前往研究所，此时，天上突然出现黑云、雷鸣大作。在那中心，有像是黑色巨大神奇宝贝的影子。下一秒，影子放出的雷电直接击中小智的皮卡丘。两颊不断放电让皮卡丘很难过。众人急忙前往博士的研究所详细检查，但是结果却出人意料。