武藤遊戲完成千年積木，因而喚醒“暗遊戲”這另壹人格。盡管與身為海馬公司社長並君臨決鬥者頂點的海馬瀨人及許多同伴展開過多場死鬥，但在過去因緣導致不得不跟另壹個自己戰鬥時，遊戲和暗遊戲終於要訣別並踏上各自道路的旅程——然後，跟暗遊戲進行的“決鬥之儀”結束，遊戲他們看似已經重返日常。那時面前出現神秘少年“藍神”。同時，全世界不斷發生神秘失蹤事件。海馬則壹心只顧尋找千年積木。幾塊拼圖全部拼合之時，決鬥的序幕又再次揭開了！海馬公司新開發出決鬥盤，能直接使腦內影像變為立體幻象，進行劃時代的新決鬥。